Река Вишера впадает в протоку Малый Волховец в 5 км от устья Малого Волховца по правому берегу.
Длина водотока составляет 64 км. В реку Вишеру впадают Вишерский канал, река Сосница, река Большая Вишера, река Малая Вишерка (Малая Вишера), озеро Вировно.