По данным летописных источников, церковь Ильи Пророка на Славне была построена в историческом центре Великого Новгорода в средине XV века. В годы Великой Отечественной войны храм получил значительные повреждения. После войны купол обрушился и церковь приспособили под жильё, мастерские и склады. Позже обветшавший храм передали Русской православной старообрядческой церкви.
В 2018 году в храме началась реставрация. На ремонт памятника из государственного бюджета выделили 93 миллиона рублей.
В ходе ремонтно-реставрационных работ в церкви обнаружили оконные проёмы, древние кованые «чешуйчатые» ставни, дверной проём из южной половины алтаря в южный придел, лестницу XIX века на второй этаж церкви, два ранее неизвестных закладных креста.
После реставрации в храме должны были возобновиться церковные службы. Там планировали открыть приют для паломников и музейную экспозицию. Работы должны были завершить в декабре того же года, но реставрация прервалась и не возобновлялась несколько лет. Церковь Ильи Пророка на Славне всё это время стояла в руинах.
В 2022 году, в ответ на обращение местной общины Русской православной старообрядческой церкви, федеральное министерство культуры сообщило старообрядцам об отказе в финансировании реставрационных работ.
Начальник инспекции государственной охраны культурного наследия Новгородской области Алексей Курочкин в 2023 году сообщил, что работы на объекте выполнены на 30 процентов. Организация, которая вела реставрацию, делала это с нарушениями. Поэтому работы приостановили. Организация была лишена лицензии и уже прекратила своё существование.
Губернатор Андрей Никитин обещал помочь с возобновлением реставрации храма. В 2025 году глава региона заявил о планах возобновить реставрацию. Обновление церкви начнётся в этом году.
