В период с ноября по декабрь 2016 года авторский коллектив, состоящий из квалифицированных архитекторов-реставраторов, археологов, инженеров и ученых, провёл комплексные историко-архивные, библиографические, архитектурные и археологические исследования, разработал проект реставрации памятника, а также методические рекомендации по реставрации и консервации настенной живописи.
Как рассказали в управлении государственной охраны культурного наследия Новгородской области, специалистами были обследованы фундаменты и конструктивные элементы церкви, изучен культурный слой, отложившийся до начала строительства храма, путём проведения археологических работ, выполнены обмерные чертежи при помощи трехмерной измерительно-проекционной системы.
На основании собранных материалов авторы проекта предлагают реставрировать каменную и кирпичную кладку, реставрировать конструкции кровли, понизить уровень территории вокруг церкви, реставрировать живопись, воссоздать хоры и лестницы по чертежам Л.М. Шуляк, устроить инженерные системы (отопление и освещение).
После реставрации памятник планируется использовать для музейного показа Новгородским государственным объединенным музеем-заповедником.
Рассматриваемый проект реставрации церкви Николы на Липне прошёл государственную историко-культурную экспертизу и получил положительное заключение экспертов. В настоящее время проходит общественное обсуждение проекта. Предложения принимаются управлением государственной охраны культурного наследия до 3 марта.